Seit 2007 ist Markus Aufleger als Universitätsprofessor und Leiter am Arbeitsbereich Wasserbau der Universität Innsbruck tätig. Seine Promotion und Habilitation legte er an der Technischen Universität München ab, wo er auch im Jahre 1991 als wissenschaftlicher Assistent seine berufliche Laufbahn begann. Zwischen 2000 und 2007 war Markus Aufleger Betriebsleiter der Versuchsanstalt für Wasserbau und Wasserwirtschaft der Technischen Universität München in Obernach. Markus Aufleger ist in verschiedenen Fachorganisationen aktiv. Unter anderem ist er Mitglied im Präsidium des Deutschen Talsperrenkommittees, Mitglied im Fachausschuss Talsperren und Flusssperren der DWA, Mitglied des ICOLD-Committees on Dam Surveillance und Sachverständiger der Österreichischen Staubeckenkommission.